Neben dem Tourismus kümmert sich AmrumTouristik AöR auch um naturschutzfachliche Belange auf der Insel. Hier läuft die Koordination verschiedener Akteur*innen zusammen, sowohl inner- als auch außerinsular. Insbesondere die Heidelandschaften, artenreiche Grünflächen und feuchte Dünentäler stehen im Fokus der Projektarbeiten. Letztere sind ein wichtiger Bestandteil des FFH-Gebiets „Küsten- und Dünenlandschaft Amrums“. Zu diesem gehört ebenfalls der Kniepsand, der Kniephaken, die Salzwiesen und Waldbereiche in Wittdün. Um unter anderem diese sensiblen Lebensräume zu erhalten, werden Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen unter dem Schirm von AmrumTouristik AöR durchgeführt wie beispielsweise das Offenhalten der Dünen. Dabei unterstützt das Bergwaldprojekt seit 2024.