Zu den Hauptaufgaben der Biologischen Station zählt die Betreuung zahlreicher Naturschutzgebiete europäischen Ranges in unterschiedlichen Landschaftsräumen des Kreises Minden-Lübbecke. Dieses Einsatzgebiet hat eine Größe von rund 5.500 ha. Neben der Betreuung von Schutzgebieten und der Planung und Umsetzung von Naturschutzmaßnahmen führt die Biologische Station auch praktische Biotoppflege mit eigenen Mitarbeiter*innen durch, koordiniert Vertragsnaturschutz auf landwirtschaftlichen Flächen sowie Beweidungsprojekte.