Das Biosphärenreservat wurde 1991 gegründet und erstreckt sich über die drei Bundesländer Bayern, Hessen und Thüringen. Mit einer Gebietskulisse von 2.433,23 km² ist es annähernd so groß wie das Bundesland Saarland. Biosphärenreservate sind keine klassischen Schutzgebiete. Anders als in einem Nationalpark liegt der Fokus nicht nur auf natürlichen Dynamiken, sondern auf dem harmonischen Zusammenspiel von Mensch und Natur. Deshalb gibt es in jedem Biosphärenreservat drei verschiedene Zonen: 
In der Entwicklungszone gibt es wenig naturschutzfachliche Auflagen für die Bewirtschaftung. Auf freiwilliger Basis werden hier nachhaltige Nutzungs- und Wirtschaftsformen erprobt, modellhaft umgesetzt und praktiziert. Im Biosphärenreservat Rhön sind hier die umweltverträgliche Außenbeleuchtung im Sternenpark Rhön, aber auch die Verarbeitung und Vermarktung regionaler Produkte mit dem „Qualitätssiegel des Biosphärenreservats“ beispielhaft.
Die Pflegezone macht zusammen mit der Kernzone mindestens 20 % der Fläche des Reservats aus. Hier findet eine umsichtige Nutzung statt, zum Beispiel ökologisch orientierte Land- und Forstwirtschaft, Landschaftspflege, Maßnahmen zur Umweltbildung oder naturschonender Tourismus. Ohne diese professionelle Zusammenarbeit von Naturschutzbehörden, Landschaftspflegeverbänden und Landwirt*innen würde die Rhön verbuschen oder sogar verwalden, verschiedene Lebensräume und naturraumtypische Tier- und Pflanzenarten verschwinden.

Die dritte Zone ist die Kernzone, in der keine Nutzung stattfindet. Hier sollen natürliche Dynamiken möglichst unbeeinflusst vom Menschen ablaufen können. Lediglich Forschung, Monitoring und Bildung darf hier betrieben werden. In der Rhön wurden sogenannte Cluster-Kernzonen in verschiedenen Waldlebensraumtypen ausgewiesen. Damit werden wichtige Rückzugsgebiete für verschiedene bedrohte Tier- und Pflanzenarten geschützt – ein großer Beitrag zum Erhalt der Artenvielfalt.